Aineistoja ja palveluja bioinformaatioteknologialle

Jaana Marvia

 
Biotekniikan ja molekyylibiologian tutkimus valittiin Suomessa jo 1980-luvun puolivälissä yhdeksi tutkimustoiminnan kehittämisen painoalaksi (1). Voimakkaasti kehittyvä ja paljon julkisuutta saanut biotieteellinen tutkimus painottuu nykyisin solujen ja suurempien biologisten kokonaisuuksien toiminnan ymmärtämiseen molekyylitasolla, jossa tarvitaan järeitä laskennallisia ja tietoteknisiä työkaluja. Samalla on syntynyt pulaa monialaisista osaajista (2).

Teknillisen korkeakoulun uudessa bioinformaatioteknologian koulutusohjelmassa koulutetaan tarvittavia tekniikan taitajia lääketieteen, biologisten tieteiden ja informaatioteknologian monitieteiseen välimaastoon. Pääaineopintoja tarjotaan biolaskennan, bioelektroniikan ja lääketieteellisen tekniikan sekä neurokognitiivisen tiedonkäsittelyn alueilta. Koulutusohjelma (http://www.lce.hut.fi/bioit/index.html ) toteutetaan Sähkö- ja tietoliikennetekniikan (koordinaattori), Automaatio- ja systeemitekniikan, Kemian tekniikan, Teknillisen fysiikan ja Tietotekniikan osastojen yhteistyönä. Opetuksen järjestämisessä ovat yhteistyöosapuolina myös Helsingin yliopiston Meilahden ja Viikin yksiköt.

Uusi koulutusohjelma toi mukanaan haasteen kirjastolle: kuinka varmistaa tarvittavan lääketieteeseen ja biotieteisiin liittyvän aineiston helppo saatavuus kampuksella. Korkeakoulun kirjastojen kokoelmat ja solmitut lisenssit painottuvat vahvasti tekniikkaan. Ratkaisua lähdettiin etsimään hankemuodossa. Bioinformaatioteknologian tietoaineistot –hanke sai rahoituspäätöksen 20 000 EUR vuoden 2002 lopulla. Hankkeen tavoitteena on ollut määritellä tarvittavan tietoaineiston sisältö ja muoto (painettuna, elektronisena, kirjat, lehdet), järjestää sen hankinta sekä kehittää ratkaisu tarvepohjaisen aineiston välitykseen yhteistyössä Terveystieteiden keskuskirjaston Terkon kanssa.

Hankkeen toteuttaminen alkoi helmikuussa 2003 selvittämällä alan aineistojen nykyinen saatavuus korkeakoululla. Vuoden aikana pääkirjaston kirjakokoelmia on kartutettu tuoreella alan peruskirjallisuudella ja uusista tutkimusaloista tehdyillä teoksilla (esim. biometrics, biorobotics, nanomedicine ....). Aihealueina ovat lääketieteellinen tekniikka, bioinformatiikka, biofysiikka, molekyylibiologia, kognitio- ja neurotieteet, biokemia, bioteknologia jne.

Osastoilta on saatu kirjaehdotusten lisäksi runsaasti hankintaesityksiä lehdistä. Lehdet Bioinformatics, Biostatistics, Journal of biomedical optics, Journal of bioinformatics and computational biology sekä Biophysical journal sekä Naturen Research Journals –paketti (vm. FinELib-sopimuksena) on tilattu. Pakettiin kuuluvat lehdet Nature Biotechnology, Cell Biology, Genetics, Immunology, Materials, Medicine, Neuroscience, Structural Biology. Lehdet ovat saatavilla vuonna 2004 elektronisena TKK:n alueella. Korkeakoululla oli jo ennestään erilaisten laajojen lisenssisopimusten kautta saatavilla runsaasti biotieteisiin luokiteltavia (poikkitieteellisiä) elektronisia lehtiä ja jonkin verran viitetietokantojakin.

BioIT@TKK

BioIT@TKK koostuu TKK:n pääkirjaston ylläpitämästä pääsivusta ja siihen linkitetystä Terkon palvelusivusta. Ideana on esitellä kootusti alan tiedonlähteitä sekä tarjota on-demand –palvelut eli pääkirjaston oma dokumenttien välityspalvelu (kaukopalvelu) ja Terkon TKK:n bioinformaatioteknologialle muokatut palvelut samassa yhteydessä.

Sivulla ovat aakkosissa ja ala-aiheittain korkeakoululla käytettävissä olevat elektroniset alan lehdet, joita kertyi yli 500 nimekettä, lisäksi tietokannat, Teemu-linkki valmiine bioIT-kirjojen hakuineen (hyllyluokka 57), TKK:n alan kirjastot, mainitut tilauspalvelut, keskeisten linkkien lista ja viestilomake kirjastolle. Terkon www-sivulle koottiin esimerkkejä heiltä löytyvistä alan lehdistä ja lehtien aihelistauksia, joista pääsee nopeasti lukemaan sisällysluetteloja ja osassa abstrakteja.

Koulutusohjelman henkilökunta ja opiskelijat voivat tilata artikkeleita (kopioita) Terkossa olevista korkeakoululta puuttuvista lehdistä. Artikkelin saa esimerkiksi PDF:nä sähköpostitse noin vuorokaudessa. Mikäli lehteä ei ole Terkossakaan, voi asiakas ohjata tilauksen TKK:n pääkirjaston kaukopalveluun. - Toiseksi Terkosta voi tilata uutuusseurantaa omin hakutermein Biosis Previews-, Current Contents- ja Medline-viitetietokannoista. Viitetiedot saapuvat sähköpostiin (Vertexpress) tai www-sivulle (InstantMed-line). Tilaukset tehdään Terkkoon sen kyseisellä bioIT-sivulla olevilla lomakkeilla tai kaukopalveluun esimerkiksi BioIT@TKK:hen linkitetyllä www-lomakkeella. Artikkeli- ja uutuusseurantatilaukset ovat asiakkaalle maksuttomia, jollaisina ne voidaan tarjota niin kauan kuin hankevaroja riittää.

Tarvepohjaisen palvelun käyttöä ja palvelumallia arvioidaan tulevana vuonna. Arviointi antanee vastauksia siihen, millaisia räätälöityjä palveluja tämankaltaiset poikkitieteelliset koulutusohjelmat ja tutkimusta harjoittavat tarvitsevat. BioIT@TKK-palvelu toimii myös kokeiluna kirjaston aihealoittaisille www-sivuille. Yhteistyö Terkon, koulutusohjelman suunnittelijan sekä TKK:n kirjastojen kanssa ja pääkirjastossa on sujunut hyvin. Tutkijat ja opettajat ovat antaneet kehittämiseen oman tärkeän panoksensa. Hanke vahvistaa osaltaan bioinformaatioteknologian huippututkimuksen ja koulutuksen edellytyksiä Teknillisessä korkeakoulussa.

(1) Biotekniikan tutkimuksen julkisen rahoituksen kansainvälisen arvioinnin jatkotoimenpiteet ja suositusten toimeenpano 2003-2006. Helsinki: Opetusministeriö, 2003. 28 s. ISBN 952-442-131-3 (PDF). (Opetusministeriön työryhmämuistioita ja selvityksiä 2003:11)
Saatavilla: http://www.minedu.fi/julkaisut/tiede/2003/tr11/tr11.pdf.

(2) Ylönen, Katri, Heikkinen, Erja & Uusikylä, Marjo. Bioinformatiikka Suomessa. Helsinki : Tekes, 2002. (Teknologiakatsaus 129/2002). 43 s.
Saatavilla: http://www.tekes.fi/julkaisut/bioinformatiikka.pdf.